SEKILAS SEJARAH SEKOLAH

Setahun paska proklamasi Kemerdekaan RI, ketika suhu politik masih panas dan kacau, banyak pelajar menjadi korban karena situasi pendidikan yang tidak menentu. Maka para missionaris Fransiskan pun tergerak menampung yang putus sekolah di sekolah Pool di Kramat Raya 134, Jakarta Pusat.

Tahun 1948 Pool berkembang menjadi SR Putra dan SR Putri. Tahun 1965 berdiri SMP Fransiskus dan SMA Fransiskus. Agar pelayanan pendidikan dapat lebih terkoordinasi, Pastor Paroki Hati Kudus, Kramat membentuk Yayasan Pendidikan Santo Fransiskus pada tanggal 28 September 1965. Pada tahun 1968 di Kampung Ambon didirikan TK, SD, Fransiskus I semula di Kramat berdiri STM yang sementara masuk siang. Tahun 1975 didirkan STM Fransiskus memiliki gedung sendiri di Kakpung Ambon. Pada tahun 1976 didirikan SMEA Fransiskus di Kramat.

Sejak tahun 1992 pengelolaan yayasan diserahkan kepada Tarekat Fransiskan (OFM) Indoensia. Sekarang ini Yayasan Santo Fransiskus mengelola :

1. Komplek Kramat Raya 67
Playgroup dan TK Fransiskus (Pagi)
SD Fransiskus 1 (Pagi)
SMP Fransiskus 1 (Pagi)
SMA Fransiskus 1 (Pagi) 
SMK Fransiskus 2 (Pagi)

2. Komplek Kampung Ambon
SMA Fransiskus 2 (Pagi)
SMK (STM) Fransiskus 1 (Pagi)